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¿Se cuenta el pseudogén como un subtipo de genes de ARN largos no codificantes?


¿Se considera a los pseudogenes como un subtipo de genes para ARN largos no codificantes?

No pude encontrar la respuesta a esta pregunta en una búsqueda en Internet.


Una nota sobre la nomenclatura en biología moderna

Tal como está, esta pregunta parece suponer que hay alguna comisión legal, Académie française, o similar que se dedica a determinar continuamente la nomenclatura científica, y que aquellos en el campo la siguen obedientemente. Si bien organizaciones como IUPAC, la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada, existen para la estandarización, se mueven muy lentamente y solo salen cuando el polvo se ha asentado (por así decirlo). Entonces, si escribo un artículo sobre genes, puedo clasificarlos según mi propósito. Es posible que desee distinguir solo entre codificación o no codificación; o entre estructural, informativo, regulatorio y basura, etc. etc. Nadie me va a meter en la cárcel si no está de acuerdo.

¿Es científico clasificar a los pseudogenes de esta manera?

Con esto, me refiero a los genes (porque eso es lo que podemos comparar) para ARN largos no codificantes (ncRNA o lncRNA) tienen suficientes características generales compartidas por pseudogenes que sería útil para subtipificar pseudogenes de esta manera. En mi opinión, No. Pseudogenes generalmente se consideran no funcionales: restos de la duplicación de genes fallida o incompleta, o de la transcripción inversa de ARNm maduros en el ADN de la línea germinal. En muchos casos ni siquiera se transcriben. Puede que no haya una sola función para esos productos génicos denominados lncRNA, pero en general se transcriben y se cree que tienen funciones relacionadas con la regulación génica. No hay similitudes estructurales con los pseudogenes, por lo que todo lo que tienen en común los genes es que son, bueno, largos, así que a esa idea le diría “¡Hasta luego!”.

¿Cómo consideran esto los anotadores del genoma?

La gente que hace las reglas de facto - y revisarlos a medida que avanza la ciencia - son los que tienen la función de anotar genomas secuenciados. No he hecho un estudio general de los genomas y me estoy restringiendo al genoma de la mosca de la fruta. Drosophila melanogaster, con el que estoy familiarizado. El distinto Biotipos para los genes en los datos de FlyBase son actualmente (2019) los siguientes:

  • ncRNA (también conocido como lncRNA)
  • codificación de proteínas
  • pseudogén
  • snRNA
  • ARNt
  • ARNr
  • snoRNA
  • pre miARN

Sospecho que esto es estándar entre las grandes bases de datos del genoma, y ​​se puede ver que pseudogén y ncRNA se consideran categorías distintas.

Por supuesto, se puede argumentar con esta clasificación: ¿dónde están los SINES y LINES y los elementos móviles específicos de Drosophila, por ejemplo? Pero eso solo ilustra lo que he escrito anteriormente.


DUXAP8, un lncRNA derivado de un pseudogén, promueve el crecimiento de células de carcinoma pancreático silenciando epigenéticamente CDKN1A y KLF2

Estudios recientes destacan los ARN largos no codificantes derivados de pseudogenes (lncRNA) como reguladores clave de la biología del cáncer. Sin embargo, pocos de ellos se han caracterizado bien en el cáncer de páncreas. Aquí, nuestro objetivo fue identificar la asociación entre lncRNA derivado de pseudogenes DUXAP8 y crecimiento de células de cáncer de páncreas.

Métodos

Examinamos los lncRNA derivados de pseudogenes asociados con el cáncer de páncreas humano mediante el análisis comparativo de tres conjuntos de datos independientes de GEO. Se utilizó la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa cuantitativa en tiempo real para evaluar la expresión relativa de DUXAP8 en células y tejidos de cáncer de páncreas. Se utilizaron enfoques de pérdida de función para investigar las posibles funciones funcionales de DUXAP8 en la proliferación y apoptosis de células de cáncer de páncreas in vitro e in vivo. Se realizaron inmunoprecipitación de ARN, ensayo de inmunoprecipitación de cromosomas y experimentos de rescate para analizar la asociación de DUXAP8 con proteínas y genes diana en células de cáncer de páncreas.

Resultados

Los tejidos de cáncer de páncreas tenían niveles de DUXAP8 significativamente más altos que los tejidos normales adyacentes emparejados. La expresión alta de DUXAP8 se asoció con un tamaño tumoral más grande, un estadio patológico avanzado y una supervivencia general más corta de los pacientes con cáncer de páncreas. Además, silenciar la expresión de DUXAP8 mediante ARNip o ARNhc inhibió la proliferación de células de cáncer de páncreas y promovió la apoptosis in vitro e in vivo. Los análisis mecanicistas indicaron que DUXAP8 regula la proliferación de células PC en parte mediante la regulación a la baja del supresor de tumores CDKN1A y la expresión de KLF2.

Conclusión

Nuestros resultados sugieren que la expresión tumoral del lncRNA DUXAP8 derivado del pseudogén juega un papel importante en la progresión del cáncer de páncreas. DUXAP8 puede servir como un biomarcador candidato y representar una nueva diana terapéutica del cáncer de páncreas.


Introducción

El carcinoma colorrectal (CCR) es un tipo común de cáncer en Estados Unidos y China, por lo que representa un importante problema de salud pública 1, 2. Representa más del 9% de toda la incidencia de neoplasias malignas, y se estima que 1,4 millones de casos ocurrieron en 2012 en todo el mundo 3, 4. Además, se espera que la carga global aumente aún más debido al crecimiento y envejecimiento de la población y la adopción de comportamientos y estilos de vida occidentalizados 3. La carcinogénesis colorrectal es un proceso biológico complicado que resulta de la desregulación de muchos genes relacionados con el cáncer. Por lo tanto, una mayor comprensión de los mecanismos moleculares involucrados en el desarrollo y la progresión del cáncer colorrectal es esencial para desarrollar estrategias específicas que puedan aliviar la carga de la enfermedad.

En la última década, la importancia de los elementos funcionales no codificantes de proteínas en el genoma humano ha surgido del agua y se ha identificado como una revelación importante en la biología posgenómica 5,6,7. Recientemente, beneficiándose de la mejora de los métodos bioinformáticos y la técnica de secuenciación a gran escala, se identificaron decenas de miles de pseudogenes, así como numerosos genes de ARN largo no codificante (lncRNA) 8, 9. En resumen, los pseudogenes son el resultado de genes duplicados, que han perdido su capacidad de codificación de proteínas a través de eventos moleculares como mutaciones puntuales o de desplazamiento de marco 8. Curiosamente, se está haciendo evidente que muchos pseudogenes se transcriben en ARN largos no codificantes, con funciones biológicas comprobadas [10]. Desempeñan una plétora de roles a múltiples niveles (ADN, ARN o proteína) en diversos procesos patológicos, especialmente en la carcinogénesis 11, 12. En el reciente estudio publicado por Ma H y sus colegas, el pseudogén derivado de ARN no codificante largo DUXAP8 puede promover la proliferación de células de cáncer gástrico y la tumorigénesis mediante el silenciamiento epigenético de la transcripción de PLEKHO1 13. Además, se descubrió que el lncRNA RSU1P2 expresado en pseudogenes se regulaba significativamente en el cáncer de cuello uterino y funcionaba como un oncogén en las células de cáncer de cuello uterino 14. Por lo tanto, los lncRNA expresados ​​por pseudogenes se han destacado como factores clave en la investigación del cáncer.

Anteriormente se descubrió que DUXAP10 se sobreexpresa en el cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) y promueve la proliferación de células de NSCLC. Sin embargo, no se han documentado las funciones biológicas y el mecanismo subyacente de DUXAP10 en el control de tumorigenes del CCR. Estos nos llevaron a explorar el papel de DUXAP10 en el CRC 15 humano. En el presente estudio, investigamos que el lncRNA DUXAP10 expresado en pseudogenes se expresaba de forma aberrante en el CCR y se asociaba positivamente con el tamaño del tumor, el estadio patológico y la metástasis linfática. Además, el análisis funcional reveló que DUXAP10 podría promover el crecimiento de células CRC tanto in vitro y en vivo. Los estudios de mecanismos indicaron que DUXAP10 es un ARNnc oncogénico expresado por pseudogén que promueve la tumorigénesis mediante el silenciamiento epigenético de la expresión de p21 y PTEN.


Introducción

Los pseudogenes son secuencias genómicas con una gran similitud de secuencia con los genes funcionales, pero se presume que son "no funcionales" [1] - [3]. Por definición, los pseudogenes derivados de genes que codifican proteínas han perdido su capacidad de codificación de proteínas debido a alteraciones deletéreas (p. Ej., Codones de parada prematuros o mutaciones de cambio de marco) en sus hipotéticos marcos de lectura abiertos. Sobre la base de distintos mecanismos de generación, los pseudogenes se separan en pseudogenes procesados ​​(generados por retrotransposición) y pseudogenes duplicados (a partir de la duplicación de genes). Esta separación se basa principalmente en el examen de las características de la secuencia, con la falta de intrones como una fuerte evidencia de retrotransposición, mientras que los pseudogenes más antiguos con una extensa degeneración de la estructura a veces se clasifican como fragmentos de pseudogen debido a la ambigüedad. El gen funcional con la similitud de secuencia "más alta" con un pseudogen a menudo se denomina operativamente su gen parental, que también se utiliza en el estudio actual.

En el genoma humano se encuentran miles de pseudogenes, se ha sugerido que algunos de ellos tienen funciones reguladoras críticas [4] - [7]. Históricamente, se considera que los pseudogenes son en su mayoría inactivos desde el punto de vista transcripcional porque presumiblemente carecen de un promotor funcional o de elementos reguladores auxiliares. Sin embargo, estudios recientes han encontrado que una porción sustancial de pseudogenes en realidad se puede transcribir a ARN estables [8] - [12]. Además, la acumulación de líneas de evidencia sugiere que los pseudogenes, vía sus productos de ARN no codificante (ncRNA), pueden desempeñar funciones reguladoras en la modulación de la expresión de sus genes parentales, así como genes no parentales [1], [3], [13] - [21]. Por ejemplo, se encontró que los ARN de interferencia cortos (ARNip) derivados de pseudogenes, a través de sus interacciones complementarias con los ARNm de los genes parentales, regulan negativamente la expresión génica parental en ovocitos de ratón mediante un proceso de iARN dependiente de Dicer [22], [23]. Nuestro análisis reciente de millones de ARN pequeños de múltiples tejidos de arroz también respalda la idea de que los pseudogenes eucariotas altos pueden producir ARNip endógenos (endo-ARNip) que son en su mayoría específicos de tejidos y etapas de desarrollo [24]. Además, muchos de esos endo-siRNA derivados de pseudogenes comparten características similares con los siRNA asociados a repeticiones de plantas que pueden mediar en la metilación del ADN dirigida por ARN y la formación de heterocromatina [24]. Si los pseudogenes de mamíferos pueden desempeñar un papel similar en la modulación de la represión epigenética en los loci de pseudogenes (es decir, cis-efecto) aún no ha sido investigado, aunque trans-Se han sugerido efectos. Por ejemplo, el 4 de octubre Se demostró que el pseudogen ncRNA dirigía los complejos de remodelación epigenética al 4 de octubre gen padre [25].

También se han informado transcripciones de pseudogenes que funcionan mediante otros mecanismos [8], [14], [19], [20], [26] - [29], que incluyen la actuación como transcripciones antisentido [25], [30]. PTENP1, un pseudogén derivado del gen supresor de tumores PTEN, se demostró por primera vez que actúa como un señuelo competitivo para varios miRNA que se dirigen al mRNA de PTEN, estabilizando así la expresión de su PTEN gen [28]. El reciente descubrimiento de ncRNA antisentido de PTENP1 y su papel en la regulación PTEN [31], además, indica que la interacción funcional entre pseudogenes y sus padres puede ser compleja y multicapa. Dada la amplia gama de funciones biológicas potencialmente llevadas a cabo por los ncRNAs [32] - [34], y la alta similitud de secuencia entre los pseudogenes y sus parálogos que codifican proteínas, es concebible que los ncRNA derivados de pseudogenes también puedan tener una variedad de moléculas y efectos celulares sobre el crecimiento celular normal, las enfermedades humanas y el cáncer [12], [19], [35] - [37].

En este estudio, hemos examinado el panorama de la transcripción de pseudogenes en una gran cantidad de tejidos humanos y líneas celulares y hemos comenzado a explorar las posibles actividades funcionales y celulares de los ncRNA de pseudogenes desde varias perspectivas. Encontramos que se transcribieron unos pocos miles de pseudogenes humanos y su transcripción se correlacionó en general con el aumento de los niveles de expresión y la diversidad de expresión de sus genes parentales. Algunos pseudogenes, por otro lado, mostraron evidencia de producción y función de ARNip, potencialmente al interferir con la expresión génica de los padres o al mediar el silenciamiento epigenético local. Tomados en conjunto, nuestros resultados sugieren que la transcripción de pseudogenes es probablemente un proceso importante que ha proporcionado nuevos elementos de ncRNA para modular la fluctuación transcripcional de genes que codifican proteínas.


Resultados

Identificación de lncRNA que están regulados por TNFα

Planteamos la hipótesis de que NF-κB regula la expresión de lncRNA del mismo modo que regula la expresión de genes codificantes y microRNA (Boldin y Baltimore, 2012). Para determinar si NF-κB regula la expresión de lncRNAs, realizamos RNA-seq direccional de extremos emparejados en MEF de tipo salvaje (WT) antes del tratamiento y después del tratamiento durante 1,5, 6 y 24 h con 20 ng / ml de TNFα. En promedio, se asignaron más de 20 millones de lecturas al genoma del ratón (ensamblaje mm9) para cada condición de tratamiento (archivo complementario 1A). En primer lugar, las lecturas se asignaron al genoma de referencia mm9 del ratón utilizando TopHat (Trapnell et al., 2009). Utilizando una secuencia de comandos generada internamente, se obtuvieron las expresiones de transcripciones anotadas RefSeq y Ensemble en forma de RPKM (lecturas por kilobase de modelo de exón por millón) y aquellas transcripciones con al menos un cambio doble en la expresión y un RPKM & gt 1 promedio, fueron definidos como significativos. El ensamblaje del transcriptoma de novo basado en referencias de lecturas mapeadas se realizó utilizando dos métodos. Las lecturas sin procesar se mapearon utilizando TopHat y el ensamblaje de transcriptoma de novo de las lecturas mapeadas se realizó utilizando Gemelos (Trapnell et al., 2010) y Escritura (Guttman et al., 2010) en paralelo. Las transcripciones con anotaciones de RefSeq y Ensemble se descargaron del navegador de tablas de UCSC, y estas transcripciones con anotaciones se filtraron de las transcriptomas ensambladas con Scripture y Gemelos para producir aproximadamente 1500 isoformas de novo novedosas que se expresan en un RPKM & gt 1. Porque muchas isoformas asignadas a una sola locus, además filtramos la lista de transcripciones novedosas aplicando regiones promotoras definidas por H3K4me3 mediante secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-Seq), que produjo 184 loci novedosos. Para refinar aún más las transcripciones candidatas, extrajimos las lecturas sin procesar que se asignaron a esos 184 loci, procesamos un ensamblaje de transcripción de novo a través de Trinity (Grabherr et al., 2011) y determinamos la puntuación de Coding Potential Calculator (CPC) de cada transcripción (Kong et al., 2007) para identificar 64 nuevos lncRNA de novo (Figura 1A, archivo complementario 1B).

El TNFα regula la transcripción de muchos genes codificantes y no codificantes.

(A) Flujo de trabajo para la estrategia para el descubrimiento de lncRNA regulados por NF-κB. (B) 3596 Los genes que codifican la proteína RefSeq están regulados por TNFα. Los valores se normalizan al punto de tiempo de 0 horas. (C) 244 Los ncRNA de RefSeq están regulados por TNFα. (D) 64 ARNnc de novo están regulados por TNFα. (mi) La fracción de todos los ncRNA de RefSeq para cada clase de transcripción. (F) 54 pseudogenes lncRNAs están regulados por TNFα.

De esta forma, en estos experimentos se detectaron 3596 transcripciones que codifican proteínas, 244 ncRNA y 64 lncRNA de novo. Muchos genes que codifican la proteína RefSeq que se ha demostrado que están regulados por NF-κB fueron inducidos por TNFα, incluyendo Gadd45b, Sod2, Nfkbia, Relb, Cdkn2a, y Il6. Además, los datos de RNA-seq mostraron el patrón de expresión génica oscilatoria esperado de la expresión génica dependiente de NF-κB y, en particular, el rango dinámico por RNA-seq es mayor que el observado anteriormente con microarrays (Kawahara et al., 2011). Curiosamente, los ncRNA de 244 RefSeq mostraron un patrón de expresión similar al de los genes codificadores de proteínas, donde se observaron niveles máximos de expresión o represión a las 1,5 y 24 horas posteriores a la estimulación. Un subconjunto también mostró una represión máxima a las 6 h en ambas clases. 84 ncRNAs fueron al menos dos veces más regulados en comparación con los no tratados en al menos un punto de tiempo. Por el contrario, la gran mayoría (59 de 64) de los lncRNA de novo se reprimieron principalmente con el tratamiento con TNFα (Figura 1B-D, archivo complementario 1B-D). Se observó un resultado similar en el que la mayoría de los lncRNA de novo se regulaban negativamente después del tratamiento en respuesta al estrógeno en las células de cáncer de mama (Hah et al., 2011).

A continuación, dividimos los ncRNA de RefSeq por su anotación RefSeq en cuatro clases, pri-miRNAs (40%), RNaseP, SnoRNA, ScaRNA (19%), pseudogen lncRNA (22%) y lncRNAs anotados (19%) (Figura 1E) . Curiosamente, solo 11 de 96 pri-miRNAs se regularon positivamente con el tratamiento con TNFα. Por el contrario, alrededor de 23 de 45 ARN de mantenimiento (ARNasaP, scaRNA, snoRNA) y 37 de 54 pseudogenes lncRNAs fueron regulados positivamente. Finalmente, 12 de 48 lncRNA anotados fueron regulados positivamente, reflejando lo que vemos en los lncRNA de novo. Para examinar más a fondo el componente pseudogénico de los lncRNA, creamos un mapa de calor del pseudogen lncRNA y observamos el mismo patrón de expresión génica oscilatoria que se observó en los genes codificadores de proteínas (figura 1F y archivo complementario 1E). Determinamos que el pseudogén Rps15a-ps4 (aquí llamado Lethe), tenía los cambios de expresión más altos de cualquier pseudogen con un RPKM & gt 1. Además, observamos que Gapdh tenía siete pseudogenes que fueron identificados como inducidos por TNFα, pero no pudimos validar este resultado con qRT-PCR.

Seleccionamos genes Refseq con expresión diferencial significativa durante el transcurso del tiempo (FDR & lt 0.05, SAMseq) y variamos al menos dos veces, produciendo 3690 transcripciones significativas (archivo suplementario 1F). Organizamos sus patrones de expresión temporal por agrupamiento jerárquico centrado en la media (Figura 1 - Figura 1), y determinamos qué lncRNAs se agruparon con genes regulados por NF-κB conocidos. De nuestra lista, elegimos validar y caracterizar aún más Cox2 Divergente, Gp96 Convergente, H2-T23 / 24AS, HoxA11AS, Leteo, Pbrm1 Convergente, Escritura 16.612 y Escritura 60.588.

Los LncRNA distinguen distintos estímulos inflamatorios

Nuestros datos direccionales de RNA-Seq de extremos emparejados revelaron la regulación del TNFα de muchas transcripciones de lncRNA que incluyen transcripciones divergentes, antisentido, convergentes e intergénicas. Dado que se desconoce la relación funcional entre la organización genómica y la expresión, decidimos validar y caracterizar aún más la expresión de lncRNA junto con el gen codificante de proteína más cercano bajo una variedad de estímulos diferentes mediante qRT-PCR. En nuestro subconjunto de lncRNA, encontramos que la mayoría de los lncRNA están co-regulados con su gen codificador de proteínas. Esto no es sorprendente, ya que elegimos validar lncRNA que estaban cerca de genes que estaban regulados por TNFα. Una excepción notable fue Lethe. Aunque el Leteo se expresa a partir de la misma línea que Gmeb1 y cerca del término 3 ′ de Gmeb1, qRT-PCR mostró que Lethe fue inducida específicamente por TNFα e IL-1β, mientras que Gmeb1 La expresión no cambió significativamente, lo que confirma que Lethe no es una extensión de la UTR 3 'de Gmeb1 (Figura 2A).

Los LncRNAs distinguen entre diferentes estímulos y están regulados por NF-κB.

(A) Validación de la expresión de lncRNA junto con el gen codificante de proteína más cercano bajo una variedad de diferentes estímulos mediante qRT-PCR. La organización genómica se muestra a continuación. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 0 y 6 horas. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se normaliza a los niveles de actina (media ± DE). (B) Los LncRNA están regulados por RelA. qRT-PCR en WT y RelA- / - células de la camada bajo una variedad de diferentes estímulos. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 0 y 6 h. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se normaliza a los niveles de actina (media ± DE). (C) RelA endógeno se recluta para los promotores de lncRNA. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 0 y 15 min. Se realizó un chip con anticuerpos α-RelA y se muestra el porcentaje de enriquecimiento de RelA en relación con la entrada (media ± DE, Nkfbia, p & lt0.0518 Convergente GP96, p & lt0.007 Leteo p & lt0,002). (D) Los LncRNA se encuentran en toda la célula. Se realizó el fraccionamiento celular y se muestra la fracción encontrada en la cromatina, núcleo y citoplasma. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 6 h. Se muestra la RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados (se muestra la media ± DE). (mi) Los LncRNA se encuentran en la cromatina. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 6 h. Se realizó ARN-IP con anticuerpos α-H3. Se aisló el ARN y se muestra la RT-PCR cuantitativa en tiempo real Taqman de los ARN indicados (media ± DE, Lethe p & lt0,004).

La señalización de NF-κB se puede iniciar en respuesta a muchos estímulos diferentes, incluso en respuesta a citocinas proinflamatorias como TNFα e IL-1β, así como en respuesta a componentes microbianos a través de la familia TLR (Hayden y Ghosh, 2012). Por lo tanto, validamos nuestros candidatos de lncRNA en respuesta a TNFα, IL-1β y agonistas de receptores tipo Toll (TLR) 1, 2, 3, 4 o 7 (Figura 2A-B). Los TLR son receptores de reconocimiento de patrones para componentes patógenos de bacterias, hongos o virus, y juegan un papel clave en el control de la inmunidad innata y adaptativa (Kawai y Akira, 2010). De hecho, encontramos que muchos de los lncRNA se regulan positivamente en respuesta a distintos estímulos. Lo más notable es que Cox2 Divergent se regula al alza en respuesta a citocinas proinflamatorias y agonistas de TLR1-4. Por el contrario, Gp96 Convergente solo se expresa en respuesta a TNFα. H2-T32 / 24AS solo responde a agonistas de TNFα y TLR3, mientras que HoxA11AS se expresa en respuesta a agonistas de TLR3 y en realidad se regula negativamente por estimulación de TNFα. El leteo está regulado positivamente en respuesta a las citocinas proinflamatorias TNFα e IL-1β, pero no a los agonistas de TLR, lo que indica que puede tener una función en la inflamación, pero no en la inmunidad nativa. Pbrm1 Convergent está altamente regulado positivamente en respuesta a IL-1β, y en menor grado TNFα, y agonistas de TLR4 y 7. Estos resultados demuestran que los lncRNA se regulan de forma dinámica y específica en respuesta a diferentes estímulos, lo que sugiere que el patrón de lncRNA puede servir como una representación interna de la exposición de una célula a distintas señales inflamatorias y patógenas.

Los LncRNA están regulados directamente por NF-κB

A continuación, queríamos determinar si los lncRNA estaban regulados directamente por NF-κB. Para abordar esta pregunta, utilizamos dos métodos diferentes. Primero, realizamos qRT-PCR en RelA- / - células de los compañeros de camada junto a las células WT (Figura 2 — Figura 1). Cox2 Divergent se regula drásticamente en respuesta a citocinas proinflamatorias y agonistas de TLR1-4 en WT y, en mayor medida, en RelA- / - células que indican que no está regulado directamente por el componente RelA de NF-κB. Además, HoxA11AS, H2-T23 / 24AS, Gp96 Convergent y Scripture 16.612 muestran alguna inducción en RelA- / - celdas. En contraste, la inducción de Leteo, Pbrm1 Convergente y Escritura 60,588 está ampliamente abrogada en RelA- / - células, lo que indica que se requiere RelA para inducir estos lncRNA (Figura 2B). En segundo lugar, realizamos inmunoprecipitación de cromatina RelA (ChIP) en WT MEF. Tras la señalización de TNFα, se encontró que RelA se unía a los promotores de Nfkbia, Gp96 Convergent y Lethe, pero no se detectó en los promotores de Cox2 Divergent o Pbrm1 Convergent, o Dll1, un control negativo (Figura 2C). Estos resultados indican que Lethe y Gp96 Convergent son dianas transcripcionales directas de RelA, siendo Lethe particularmente dependiente de RelA para la inducción.

Lethe lncRNA es en gran parte nuclear y en cromatina

Para determinar dónde se encuentran nuestros genes candidatos dentro de la célula, realizamos un fraccionamiento subcelular en células estimuladas con TNFα durante 6 horas. Encontramos que la distribución subcelular de los lncRNA inducidos por TNFα varía de una manera específica de la transcripción. Se probó Gapdh como control y se encontró que estaba distribuido uniformemente entre el núcleo y el citoplasma con poca transcripción encontrada en la cromatina. Asimismo, Cox2 Divergente, Gp96 Convergente y H2-T23 / 24AS se distribuyeron uniformemente entre el núcleo y el citoplasma. HoxA11AS era principalmente nuclear con algunas transcripciones encontradas en el citoplasma, pero no en la cromatina. Curiosamente, Lethe, Pbrm1 Convergent, Scripture 16.612 y Scripture 60.588 se encontraron principalmente en la cromatina, con una fracción más pequeña en el núcleo. Estos resultados indican que Lethe, Pbrm1, Scripture 16.612 y Scripture 60.588 pueden estar directamente involucrados en la regulación de genes al interactuar con la cromatina (Figura 2D). Para determinar aún más si es la transcripción naciente o la transcripción procesada que se encuentra en la cromatina, realizamos una selección de poliA en nuestras fracciones subcelulares y analizamos los resultados mediante qRT-PCR. Curiosamente, el ARN de Lethe poliadenilado todavía se asocia preferentemente con la cromatina en comparación con dos ARNm de control, Actin y Nfkbia (Figura 2, suplemento de la figura 1), lo que indica que el Lethe de longitud completa está asociado con la cromatina. Finalmente, realizamos inmunoprecipitación de H3-RNA (RIP) para probar directamente si se encuentran lncRNAs en la cromatina después de que las células fueron estimuladas con TNFα durante 6 h. Encontramos que Lethe y Pbrm1 Convergent se encuentran en la cromatina, mientras que Cox2 Divergent y Gp96 Convergent no se detectaron, lo que confirma nuestros resultados de fraccionamiento (Figura 2E). Los resultados de la Figura 2 se resumen en la Tabla 1.

Clasificación de lncRNA regulados por TNF

TNFαIL-1βTLR1TLR2TLR3TLR4TLR5TLR7RelA-depH3-RIP
Cox2 divergente++++++Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.
Convergente GP96+Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.+Dakota del Norte.
H2-T23 / 24AS+Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.+Dakota del Norte.Dakota del Norte.Dakota del Norte.
HoxA11AS+
Lethe++++
Pbrm1 Convergente+++−/++
Escritura 16.612+++Dakota del Norte.Nuevo Testamento.
Escritura 60,588Dakota del Norte.Nuevo Testamento.

Estos resultados demuestran que los lncRNA están regulados por estímulos diversos y específicos. Además, los lncRNA están regulados directamente por NF-κB. Por últimop, la distribución subcelular de los lncRNA inducidos por TNFα varía según la transcripción. n.d., no detectable. n.t., no probado.

Lethe es un pseudogen de Rps15a

Dado que Lethe es un pseudogén de Rps15a, queríamos determinar si hay otros pseudogenes que estén regulados directamente por TNFα. Obtuvimos sondas Taqman contra secuencias no repetitivas únicas para cada miembro del pseudogen, y examinamos los miembros de la familia del pseudogen Rps15a así como el Rps15a para determinar si están regulados por TNFα (Figura 3A, Figura 3 - Figura suplemento 1). El análisis de qRT-PCR mostró que Nfkbia (un control positivo) se regula dinámicamente en respuesta a TNFα, al igual que Lethe. Rps15a y Rps15a-ps6, otro pseudogen lncRNA de Rps15a, se transcriben pero no están regulados por TNFα (Figura 3B).

Lethe es un pseudogén de lncRNA que está regulado por NF-κB, receptor de glucocorticoides y en el envejecimiento.

(A) Estructura genética, homología y diseño de sonda Taqman de Rps15a y miembros de la familia de pseudogenes. (B) El leteo es inducido por TNFα, pero otros miembros de la familia no. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 0 y 1,5 horas. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se muestra normalizada a los niveles de actina (media ± DE, p & lt0,012). (C) Organización genómica de Lethe con datos de RNA-Seq en el tiempo 0, 1,5, 6 y 24 h después del tratamiento con TNFα. Lethe se encuentra en el cromosoma 4 del ratón entre Gmeb1 y Ythd2. Gmeb1 y Ythd2 no son inducidos por la estimulación de TNFα. (D) El leteo es inducido por el tratamiento con dexametasona, pero no por otros agonistas de los receptores de hormonas nucleares. Los MEF se trataron con vitamina D 10 nM, metiltrienolona 100 nM, estradiol 100 nM o dexametasona 1 µM durante 0 y 6 horas. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se muestra normalizada a los niveles de actina (media ± DE, p & lt0,003). (mi) El leteo está regulado a la baja en ratones de edad avanzada. El leto se expresa en el bazo joven de ratones machos y hembras. Se utilizaron cinco ratones para cada sexo y momento. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se muestra normalizada a los niveles de actina (media ± DE, Lethe p & lt0,001, Gmeb1 p & lt0,003). Se realizó un análisis ANOVA para determinar la significancia.

Lethe tiene 697 pb de largo sin empalmar lncRNA, y su locus en el cromosoma cuatro se encuentra aproximadamente 500 pb aguas abajo de Gmeb1 y 8 kb aguas arriba de Ythdf2 en la hebra menos (Figura 3C). Lethe se induce drásticamente tras la estimulación de TNFα a las 1,5 horas y 24 horas y se reprime a las 6 horas, en un patrón de expresión que es característico de otros transcritos regulados por NF-κB. Es importante destacar que la expresión de sus dos genes de ARNm vecinos no se modificó mediante la estimulación de TNFα (Figura 3C), lo que indica que Lethe está regulado de forma independiente.

El leteo es inducido por el receptor de glucocorticoides.

Se sabe que el receptor de glucocorticoides (GR) y NF-κB comparten muchos sitios de genes diana (Rao et al., 2011). Por lo tanto, probamos si Lethe podría inducirse tras la estimulación con varios agonistas de hormonas nucleares, incluido el agonista GR, dexametasona. Encontramos que Lethe se regula al alza en respuesta al agente antiinflamatorio, dexametasona, pero no en respuesta a otros agonistas del receptor de hormonas nucleares examinados, incluida la vitamina D (receptor de vitamina D), metiltrienolona (receptor de andrógenos) y estradiol (receptor de estrógeno) (Figura 3D). Por tanto, Lethe es un pseudogen lncRNA inducido tanto por estímulos inflamatorios como por un tratamiento antiinflamatorio.

El leteo está regulado a la baja en ratones envejecidos

Un trabajo reciente ha demostrado que el motivo de unión al factor de transcripción más fuertemente asociado con el envejecimiento es el NF-κB (Adler et al., 2007). Para determinar si Lethe se expresa en tejido viejo como resultado de la señalización constante de NF-κB, probamos un panel de tejidos, incluidos hígado, pulmón, riñón, piel, bazo, corteza (cerebro) y músculo esquelético. El leteo se expresa en el bazo masculino y femenino, pero no es detectable en otros tejidos. Curiosamente, Lethe se regula a la baja con la edad: 20 veces y 160 veces en machos y hembras, respectivamente (Figura 3E). Ninguno Nfkbia ni Gmeb1 la expresión cambia con la edad o el sexo.

Lethe inhibe la actividad de NF-κB

Presumimos que Lethe actúa en trans para regular la función de NF-κB. Por lo tanto, realizamos experimentos de pérdida de función y midimos la expresión de miembros canónicos de NF-κB. Usamos oligonucleótidos antisentido quiméricos (ASO) químicamente modificados que han demostrado ser efectivos para anular la expresión de ncRNAs nucleares (Ideue et al., 2009). El bloqueo de ASO inhibió la inducción de TNFα de Lethe, y monitoreamos la inducción de dos genes diana de NF-κB mediante qRT-PCR. Nfkbia El nivel fue significativamente más alto que el control de ASO estimulado por TNFα en uno de los dos ASO probados, mientras que Nfkb2 se indujo significativamente para ambos ASO probados (Figura 4A). Este resultado indica que Lethe puede actuar como represor de la actividad de NF-κB.

Lethe se une a RelA e inhibe la ocupación de ADN por RelA.

(A) Aumento de la expresión de genes regulados por NF-κB en células de caída de Lethe. La RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados se muestra normalizada a los niveles de actina (se muestra la media ± DE, p & lt0.05) (B) Lethe inhibe la expresión del gen indicador inducido por TNFα. RLU de la actividad informadora 3x-κB y la actividad informadora mutante (se muestra la media ± DE, p & lt0,05) en células 293T transfectadas con CMV_Lethe. Los constructos de reportero se muestran en el diagrama de arriba. (C) El reclutamiento de RelA endógeno a los promotores de genes diana se reduce en presencia de Lethe. Se trataron 293T que expresaban CMV_GFP o CMV_Lethe con 20 ng / ml de TNFα durante 15 min. Se realizó un chip con anticuerpos α-RelA y se muestra el porcentaje de enriquecimiento de RelA relativo a la entrada (media ± DE Il6, p & lt0.033 Sod2, p & lt0.001 Il8, p & lt0.003 Nfkbia, p & lt0.015). (D) Lethe se une a RelA. Los MEF se trataron con 20 ng / ml de TNFα durante 6 h. Se realizó ARN-IP con anticuerpos α-RelA. Se aisló el ARN y se muestra la RT-PCR cuantitativa en tiempo real de Taqman de los ARN indicados (media ± DE, p & lt0,020). (mi) La expresión de Lethe bloquea la unión del ADN del homodímero RelA a su diana. NF-κB EMSA de GFP o extractos nucleares de 293T transfectados con Lethe tratados con 20 ng / ml de TNFα durante 15 min. Extracts were pretreated with unlabeled NF-κB (specific) or CREB (nonspecific competitor), or α-RelA antibodies for 15 min prior to incubation with probe. (F) Model for Lethe regulation of gene expression. Upon addition of TNFα or dexamthasone, Lethe is transcribed. Lethe can then bind to RelA–RelA homodimers and block binding to other NF-κB response elements, inhibiting NF-κB.

Conversely, we overexpressed Lethe or GFP in the presence of an NF-κB luciferase reporter gene after TNFα stimulation. Lethe expression, but not GFP expression, repressed NF-κB reporter gene activity. Additionally, Lethe can increase the repression NF-κB luciferase reporter gene expression in a dose dependent manner. To determine if Lethe’s effect on reporter gene activity was specific to NF-κB mediated reporter gene expression, we mutated the κB binding sites out of the reporter plasmid. As expected, the repression was no longer observed, indicating that Lethe requires NF-κB to repress reporter gene expression (Figure 4B).

The TNFα inducible repression of NF-κB luciferase reporter gene expression indicates that Lethe may affect the ability of RelA to bind to target promoters. To test this possibility, 293T cells were transfected with Lethe and ChIP was performed with RelA antibodies or IgG. In response to TNFα, Lethe expression significantly decreased RelA occupancy of several NF-κB target genes including Il6, Sod2, Il8, y Nfkbia (Figure 4C). Immunoblot analysis confirmed that that Lethe does not lower RelA protein level (Figure 4C). These results indicate that Lethe acts to inhibit NF-κB binding to the chromatin.

Lethe Binds to RelA and inhibits RelA occupancy of DNA

We reasoned that Lethe may bind RelA directly. RelA-RIP retrieved Lethe, but not Gapdh in MEFs stimulated with TNFα for 6 hr. Interestingly, other lncRNAs, Cox2 Divergent and Gp96 Convergent did not bind to RelA (Figure 4D). To further explore the relationship between Lethe and RelA, NF-κB DNA binding was assessed by electro mobility shift assays (EMSA). 293T cells were transfected with either CMV_GFP or CMV_Lethe. 48 hours post transfection cells were stimulated with TNFα for 15 min before nuclear lysates were prepared. As expected, TNF-stimulated extracts contained NF-κB activity, which are shifted by radiolabelled NF-κB probes, specifically competed away by cold NF-κB probes, and supershifted by anti-RelA antibody. Notably Lethe expression blocks DNA binding of the RelA homodimer, but not other isoforms (Figure 4E). These results indicate that Lethe may act as an inhibitor of NF-κB by binding directly to the RelA homodimer, and blocking RelA’s ability to bind DNA (Figure 4F).


Agradecimientos

F.A.C. is supported by a Special Research Fund (BOF) scholarship of Ghent University (BOF.DOC.2017.0026.01). R.C. is supported by the Fonds Wetenschappelijk Onderzoek (11Y6218N). T.-W.C. is supported by grants from the Ministry of Science and Technology, Taiwan (MOST-109-2311-B-009 −002). A.U. is supported by research funding from the National Health and Medical Research Council (Australia) and the Leukemia & Lymphoma Society, the Leukemia Foundation and the Snowdome Foundation. GEORGIA. is supported by a postgraduate scholarship from the Translational Cancer Research Network. M.R.W. and N.P.D. acknowledge support from the National Collaborative Research Infrastructure Strategy program, administered by Bioplatforms Australia. We thank N. Yigit, A. Barr, S. Pathak, L. Way and A. Mai for their contributions in library preparation and A. Yunghans, E. Jaeger and A. Moshrefi for their assistance in library organization and sequencing/tracking/data management. This project was funded by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreements 668858 and 826121 to P.M., P.S. and J. Koster and the Concerted Research Action of Ghent University (BOF/GOA 01G00819) to P.M. and K.B.


4 Discussion

In this study, we identified one up-regulated lncRNA, RACGAP1P, in the breast cancer tissue using LncRNA Expression Microarray, and its high expression was positively correlated with lymph node metastasis, distance metastasis, TNM stage, and shorter survival time. Further experiments showed that the overexpression of RACGAP1P could enhance mitochondrial fission by up-regulating its parental gene RACGAP1 via competitively binding to miR-345-5p and thus increase the invasive ability of breast cancer cells. The results revealed the regulatory mechanism of RACGAP1P in the invasion and metastasis of breast cancer (Fig. 7).

LncRNAs have emerged to exhibit important biological function in cancer development and progression, involving in tumor cell proliferation [ [30] ], metabolism [ [31] ], migration, invasion [ [32] ], and even non-coding RNA transfer [ [33, 34] ]. A previous study showed that overexpression of lncRNA RACGAP1P enhanced cell proliferation and migration, thus promoting hepatocellular carcinoma early recurrence [ [18] ]. Our results demonstrated that the up-regulation of RACGAP1P was a commonly oncogenic event in breast cancer, which is correlated with lymph node metastasis, distance metastasis, TNM stage, and poor prognosis of breast cancer patients. Accordingly, functional experiments en vivo y in vitro confirmed that RACGAP1P promoted breast cancer cell migration, invasion, and metastasis, but had no significant effect on breast cancer cell proliferation. Consistently, we did not observe statistically significant relevance between RACGAP1P and tumor size in 102 breast cancer patients. As for the different effects on cell proliferation in hepatocellular carcinoma and breast cancer, we speculate that it may be due to the heterogeneity of breast cancer. Further investigation in cell biological behaviors involving RACGAP1P is needed.

Mitochondrial fission has been recognized as an important metastatic driver as the fragmentation of mitochondria helps the distribution of mitochondria by subcellular trafficking to the leading edge of migrating direction where energy is highly demanded to form lamellipodia during the process of migration and subsequent invasion [ [35] ]. Mitochondrial fragmentation is mainly regulated by the dynamin 1-like protein (Drp1). Overexpression or enhanced activation of Drp1 mediates the mitochondrial fission in metastatic breast cancer [ [25] ], pancreatic cancer [ [9] ], and glioblastoma cells [ [36] ]. Drp1 activity is mainly regulated by post-translational modifications, phosphorylation at serine (Ser) 616 residue site [ [37] ]. Moreover, several studies also showed that lncRNAs might play roles in mitochondrial function [ [38-40] ]. In this study, we found that the overexpression of RACGAP1P led to increased phosphorylation of Drp1-S616 and promoted mitochondrial fission. While mitochondrial fission inhibitor Mdivi-1 could diminish the invasive ability of RACGAP1P overexpression cells. Collectively, RACGAP1P promoted mitochondrial fission, which is required for breast cancer cell invasion via Drp1 activity enhancement.

Accumulating evidence suggests that RNA crosstalk plays a vital role in gene regulatory networks, and is implicated in cancer [ [41] ]. Pseudogenes are relicts of parental genes that lost the function of encoding for full-length functional proteins during the evolutionary process [ [42] ]. Considering the homolog of pseudogenes with parental genes, pseudogenes have defined roles in regulating the expression of the parental genes through sequestering common miRNAs and releasing expression inhibition [ [43] ]. According to the NCBI database, RACGAP1P is the pseudogene of RACGAP1. Notably, RACGAP1P co-expressed with RACGAP1 in breast cancer. Further experiments showed that RACGAP1P could regulate RACGAP1 expression by endogenously competitive binding with miR-345-5p. Previous studies demonstrated that RACGAP1 was a cancer-promoting gene overexpressed in various cancers [ [44-46] ]. Importantly, RACGAP1 was identified as a metastatic driver in uterine carcinosarcoma [ [47] ]. Besides, RACGAP1 was also considered as a poor prognosis marker in high-risk early breast cancer [ [48] ]. Consistent with these findings, we found that RACGAP1 could induce breast cancer cell invasion.

A great many of studies demonstrated RACGAP1 could enhance the phosphorylation level of Erk and activate Rho/Erk signaling [ [18, 49, 50] ]. Interestingly, the MAPK signal pathway was reported to be involved in mitochondrial fission that Erk1/2 could phosphorylate Drp1 on Ser616 [ [9] ]. Combined with our results, we speculate that RACGAP1P could promote mitochondrial fission through RACGAP1/Erk /Drp1 signaling axis.


Nuclear Factor κB Signaling and Its Related Non-coding RNAs in Cancer Therapy

Xiaomin Liu , . Zhongliang Ma , in Molecular Therapy - Nucleic Acids , 2020

Other ncRNAs and NF-κB Signal Transduction

lncRNA has been found to play a vital part in pathological and physiological processes, containing tumor formation and metastasis. Different lncRNAs have different molecular mechanisms that play different biological functions. 81 The activation of NF-κB is also related with lncRNA.

Tumor-associated NF-κB activation and lncRNA overexpression are most directly related to the inhibition of IκB, which acts as a negative regulator of NF-κB signaling. Liu et al. 82 found that NKILA (NF-κB interacting lncRNA) binds to NF-κB, which is upregulated by inflammatory factors in breast cancer. NKILA inhibits activation of the NF-κB signaling pathway by masking the location of phosphorylation of IκB for IKK phosphorylation suppression. Further studies revealed that there are two hairpin structures, A and B, at 300–500 nt of NKILA. Hairpin A binds to the DNA-binding region of NF-κB, and hairpin B binds to S51-R73 of p65, preventing IκBα detachment that forming a stable NKILA/NF-κB/IκBα complex. Yang y col. 83 found that FTH1P3 (long non-protein coding RNA ferritin heavy chain 1 pseudogene 3) regulated metastasis and invasion through SP1 (specificity protein 1)/NF-κB (p65) in esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). The mechanism of lncRNAs has been studied. A deeper understanding of the molecular mechanisms and biological functions of lncRNA will help to find new effective anticancer strategies in tumorigenesis.

miRNAs and lncRNAs have been demonstrated to play an irreplaceable role in the NF-κB signaling pathway. In addition, other types of ncRNAs, such as circRNA and piRNA, are also involved in the regulation of tumor-associated signaling pathways. Studies have shown that miR-7 sponge circRNA (ciRS-7) has more than 70 conserved miR-7 binding sites, which can effectively sponge miR-7 and suppress the inhibition of miR-7 target genes, promoting the correlation of gene expression and activating NF-κB signaling pathways. 84 , 85 There are few reports on piRNA in cancer. Leng et al. 86 found that piR-DQ590027, miR-377, and miR-153 in glioma-conditioned endothelial cells (GECs) had lower expression. piR-DQ590027 bound to MIR17HG. FOXR2 was a downstream target of miR-377 and miR-153. This study proved that the piR-DQ590027/MIR17HG/miR-153(miR-377)/FOXR2 pathway plays a crucial role in regulating the permeability of glioma-conditioned normal blood-brain barrier (BBB). Another study has shown that piR-021285 can induce the methylation of genes in breast cancer. 87 The roles of these ncRNAs in tumors remain to be further explored.


Discusión

Recently, pseudogenes have emerged as new players in tumour biology 5,10 . However, a crucial question remains unclear: does pseudogene expression, as a whole, represent a biologically meaningful dimension that can characterize tumour heterogeneity and provide clinical applications? Here, we performed a Pan-Cancer analysis of pseudogene expression for what is, to our knowledge, the largest number of cancer patient samples (

3,000) in one such analysis. Utilizing TCGA patient cohorts with a sufficient sample size, we show the predictive power of pseudogene expression in classifying established tumour types and the high concordance of tumour subtypes based on pseudogene expression with other molecular subtypes as well as clinically established biomarkers (such as ER and PR status in breast cancer). It should be emphasized that a large number of tumour lineage-specific pseudogenes identified through between-disease comparisons 10 do not imply our findings through the within-disease analyses. Because many tumour lineage- or cancer-specific pseudogenes could arise from tissue-related rather than tumorigenesis-related effects, they may or may not have the power to differentiate tumour subtypes.

Strikingly, our analysis reveals an unexpected prognostic power of pseudogene expression in kidney cancer: pseudogene expression subtypes not only correlate with patient survival but also confer additional prognostic powers for a group of patients whose survival times cannot be well predicted based on conventional clinical variables. This finding implies a novel prognostic strategy that incorporates both the risk scores defined by the clinical-variable model and the tumour subtypes revealed by pseudogene expression (subtype 1 and subtype 2): among medium-risk patients, patients of subtype 2 may benefit from earlier, more aggressive therapies. Interestingly, although the tumour subtypes defined by other molecular data (for example, mRNA and miRNA) show high concordance with the pseudogene expression subtypes based on the whole patient cohort, they do not confer additional prognostic power based on the medium-risk patient subset. These aggregate results provide a strong rationale for further investigation of the clinical utility of pseudogene expression, which has been understudied in the field. Since TCGA patient samples were collected for the purpose of comprehensive molecular profiling and were collected from different institutions, this practice might introduce some bias. In addition, the resulting clinical annotation of patient samples and related records may not be as rigorous and complete as those obtained from standard clinical trials. Therefore, further efforts should be made to validate the clinical utility of pseudogene expression in a more formal clinical setting (for example, clinical trials).

Although our study primarily focused on the biomedical significance and clinical relevance of pseudogene expression as a whole (that is, the subtypes that collectively represent the information of many pseudogenes), an intriguing question is how individual pseudogenes are functionally involved in tumorigenesis. This is a challenging but exciting topic since pseudogenes may affect their WT-coding genes or unrelated genes through multiple mechanisms such as microRNA decoys and antisense transcripts. From a systems biology point of view, the informative behaviour of pseudogenes may originate from a role such as ‘regulator.’ Our preliminary analysis here revealed some candidates of potential interest. Further efforts are required to elucidate how these pseudogenes functionally contribute to tumour initiation and development and how they are regulated through the complex gene regulatory network.


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CeMM Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences, Lazarettgasse 14, AKH BT 25.3, 1090, Vienna, Austria

Aleksandra E. Kornienko, Philipp M. Guenzl, Robert Kralovics, Florian M. Pauler & Denise P. Barlow

Present Address: Institute of Science and Technology Austria, Lab Building East, Am Campus 1, A-3400, Klosterneuburg, Austria

Department of Internal Medicine I, Division of Hematology and Blood Coagulation, Medical University of Vienna, Vienna, Austria


Ver el vídeo: Funciones del ARN no codificante (Enero 2022).