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Al hacer minipreparaciones, ¿los plásmidos "buenos" producen más ADN que los plásmidos "malos"?


He estado haciendo minipreparaciones durante casi 10 años usando los kits estándar de qiagen y DH5a e. coli. Normalmente hago 24 minipreps a la vez y luego identifico los plásmidos buenos por digestión enzimática, PCR, secuenciación, etc. Algo que he notado es que los plásmidos buenos a menudo parecían tener concentraciones de ADN más altas que los plásmidos malos. Pensé que era solo superstición, pero miré hacia atrás en un par de lotes recientes de minipreparación e hice estadísticas, y descubrí que los buenos plásmidos tenían una cantidad de ADN estadísticamente significativamente mayor. No veo este patrón todo el tiempo, pero lo he visto al usar la clonación basada en InFusion y la clonación basada en enzimas de restricción tradicionales. No tengo acceso a todos mis datos de miniprep, por lo que no puedo verificar todo para determinar la importancia estadística.

Entonces, ¿por qué los plásmidos "buenos" tendrían mejores rendimientos de ADN que los plásmidos "malos"? ¿Alguien más ha notado este patrón?

Hasta donde yo sabía, siempre que el plásmido llevara un gen de resistencia a los antibióticos que funcionara y las bacterias pudieran replicarlo de manera eficiente, entonces el plásmido debería estar bien. ¿Podrían los malos plásmidos haber sido casos en los que la bacteria logra unir la columna vertebral del vector pero crea una secuencia que no se replica bien? ¿Podría ser un problema de tiempo, donde el plásmido malo no comienza a replicarse hasta más tarde, por lo que el crecimiento bacteriano se retrasa? No he pesado los gránulos bacterianos, por lo que no puedo decir nada sobre el crecimiento bacteriano frente al rendimiento del plásmido.


Ver el vídeo: Plasmid DNA Transfection Protocol (Enero 2022).